Московский театр Новая Опера им. Е.В. Колобова был создан в 1991 году по инициативе художественного руководителя театра Евгения Колобова (1946-2003) и мэра Москвы Юрия Лужкова и вскоре приобрел славу одного из лучших оперных коллективов России.

В 1991 году главный дирижер МАМТа имени Станиславского и Немировича Данченко Евгений Колобов из-за творческих разногласий уходит из театра, увлекая за собой часть труппы и весь оркестр. Колобов находит поддержку у мэра Москвы Юрия Лужкова и основывает театр «Новая Опера», главным дирижером и художественным руководителем которого он и становится. На должность главного хормейстера назначается жена Колобова — Наталья Попович.

Поначалу у театра нет собственного помещения, появляются концертные исполнения опер, костюмированные дивертисменты («Россини»). В 1997 году у Новой Оперы появляется здание в саду «Эрмитаж». Новое здание театра – это зал на 660 мест, оснащенный современным светотехническим оборудованием и механикой сцены, которые позволяют ставить спектакли со сложными сценическими эффектами. Театр располагает собственными аудио- и видеостудией. Делая ставку на неизвестные в России оперные партитуры, Колобов являет московской публике оперы «Двое Фоскари» (Верди), «Мария Стюарт» (Доницетти), «Валли» (Каталани), свои редакции опер «Евгений Онегин» Чайковского, «Травиаты» Верди. 

В 2000 году на премьере оперы «Риголетто» главную партию исполнял Дмитрий Хворостовский.

В 2003 году с связи со смертью основателя, у театра начинается кризис. Спектакль «Искатели жемчуга» Бизе воспринимается критично, а «Царская невеста» и вовсе негативно.

В 2005 году для постановки оперы Беллини «Норма» художественное руководство театра приглашает немецких режиссёров Йосси Виллера и Серджио Морабито (музыкальный руководитель и дирижер постановки Феликс Коробов) . Опера вызвала восхищение у москвичей. А за трудную сопрановую партию Татьяна Печникова получила премию «Золотая маска».

В марте 2006 года главным дирижёром театра становится народный артист СССР Эри Клас, который вносит в репертуар спектакли с комическими оттенками («Волшебная флейта» Моцарта, «Любовный напиток» Доницетти, «Севильский цирюльник» Россини, «Джанни Скикки» Пуччини, «Летучую мышь» Штрауса).

В 2008 году в театре оперу Вагнера «Лоэнгрин» ставит режиссёр Каспер Хольтен, за дирижерским пультом - блистательный маэстро Ян Латам-Кёниг (Великобритания), ставший постоянным приглашенным дирижером театра.

Весной 2009 года премьерная оперетта «Летучая мышь» вызвала недовольство у публики в связи вольным переводом диалогов, но о музыке отзывы были положительные.

В последнее время театр начинает предлагать концертные исполнения часто исполнявшихся, но сейчас невостребованнных в России опер: «Трубадур», «Князь Игорь», «Орлеанская дева» и т. д.

С 2005 года ежегодно в январе в театре проходит Международный фестиваль "Крещенская неделя в Новой Опере", посвященный основателю театра Евгению Колобову, который родился 19 января в Крещение.

 С 2006 года театр носит имя своего основателя. Полное название театра: Московский театр Новая Опера  им. Е.В. Колобова.